Sur Terre, dans le futur, ne subsistent plus que deux millions d’humains vivant au sein de neuf villes sous-marines.
Ces villes étaient initialement des stations expérimentales où l’on essayait de créer un environnement favorable à la vie, notamment grâce à une nouvelle source d’énergie, le méthane hydrade, et aux nanomachines. Un jour, alors que les expérimentations sous-marines suivaient leur cours, tout contact avec la surface fut perdu, laissant à penser que la civilisation y vivant avait été détruite. Pour assurer la survie de l’humanité, les équipes de recherche travaillèrent dur à la finition des neuf cités sous-marines et choisirent de s’y établir.
Dans ces villes sous-marines où l’eau s’est substituée au bitume des routes, le pouvoir politique fut confié aux mains de grands groupes industriels qui fournissent et entretiennent les infrastructures permettant à la société de prospérer. Afin de maintenir l’ordre, un système de limiteur de personnalité fut mis au point et implanté sur chacun des habitants. En bridant les comportements, il permet d’éviter toute velléité de rébellion. La population des neuf cités s’efforce de vivre dans un espace restreint (les voyages entre les cités sont, de surcroît, interdits), sans chercher à revenir à la surface. La rumeur prétend en effet que l’air y est toxique, ce qui causa la disparition de la civilisation terrestre.
L’histoire débute dans la ville de Noimon, cinq générations après la disparition de la civilisation de la surface. Aï Mayuzumi est une adolescente née dans cette ville et qui y a toujours vécu. Parallèlement à sa vie de lycéenne, elle travaille en tant que pilote d’essai pour le laboratoire de son père, spécialisé dans la conception de véhicules marins et sous-marins. Enfant, sa vie fut bouleversée par un attentat perpétré par un groupe terroriste qui se fait appeler Error. Ce groupe rassemble des personnes s’opposant au système en vigueur dans les neuf villes sous-marines et cherchant à retourner à la surface. Aï fut alors gravement blessée et vit sa mère se faire enlever.
Aujourd’hui encore, la vie d’Aï bascule à la suite d’une attaque du groupe Error. Celle-ci provoque l’annulation du test qu’elle devait effectuer sur une nouvelle moto. Mais Aï n’en reste pas là et, animée par ses souvenirs et sa colère, elle va se lancer à la poursuite du vaisseau des terroristes. Au moment où elle les rattrape, apparaissent deux femmes appartenant à un autre groupe, Stealnath, qui s’oppose à Error. Toutes deux, bien aidées par Aï, mettent hors d’état de nuire les trois terroristes.
Après sa rencontre avec Stealnath, Aï souhaite intégrer ce groupe secret composé de quatre femmes, mais Kei, qui en est le leader, refuse. Suite à plusieurs mésaventures impliquant Error et Stealnath (et notamment son enlèvement par le groupe terroriste), Aï a l’occasion de montrer à Kei ses talents de pilote. « I » raconte son intégration au sein de Stealnath.
